Enquanto OPC, a ação dos inspetores da IGAMAOT incide fundamentalmente sobre os crimes de «poluição» e de «atividades perigosas para o ambiente» (artigos 279.º e 279.º-A do Código Penal), sendo os seus principais tópicos de trabalho na área ambiental criminal:

• Regime das Emissões Industriais (REI) /PCIP (Prevenção e Controlo Integrados da Poluição) e solventes orgânicos;

• Poluição do ar, água e solo;

• Movimentos transfronteiriços de resíduos (MTR);

• Prevenção de acidentes graves envolvendo substâncias perigosas (SEVESO);

• Regulamentos de Registo, Avaliação, Autorização e Restrição de Produtos Químicos (REACH) e Classificação, Rotulagem e Embalagem de substâncias e misturas (CLP);

• Exportação e importação de produtos químicos perigosos (PIC), Poluentes Orgânicos Persistentes (POP)

• Gases com efeito de estufa e substâncias que empobrecem a camada de ozono

• Perigos nuclear, radioativo, radiológico e fontes radioativas seladas

• Organismos geneticamente modificados.

No âmbito criminal, esta Inspeção-Geral realiza continuadamente diligências de investigação, recolha e compilação de prova, assegurando a sua custódia, bem como peritagens, análises, e relatórios dos processos de inquérito que lhe são delegados pelo Ministério Público (MP), que ascendem a um número superior a 200, desde 2010. Exemplos disso são as ações de vigilância/seguimento, a execução de mandados, as buscas domiciliárias e não domiciliárias, a realização de inquirições, a recolha de prova por diversos meios (incluindo por Veículos Aéreos não Tripulados (VANT)), a amostragem de águas, solos, emissões atmosféricas, e resíduos, e mesmo a análise de documentação bancária, entre outras, com vista à recolha de todos os meios de prova necessários para a investigação.

A apreciação da prova obtida nesses processos de inquérito, incluindo a análise de interseções  telefónicas, é também assegurada pelos inspetores da IGAMAOT, e vertida em relatórios remetidos ao MP.

Em 24 de fevereiro de 2014 e em 12 de fevereiro de 2015 foram assinados protocolos de cooperação entre a Procuradoria-Geral da República (PGR) e a Inspeção-Geral da Agricultura, do Mar, do Ambiente e do Ordenamento do Território (IGAMAOT), com vista a incrementar a melhor articulação entre os serviços que as duas entidades tutelam, no âmbito da defesa dos interesses difusos e coletivos, na área do ambiente e do ordenamento do território e conservação da natureza, refletidos em ações que visam a melhoria de procedimentos na aplicação da legislação em vigor e na investigação de muitos casos concretos, e que tem sido determinante no cumprimento da missão desta Inspeção-Geral.

O trabalho desenvolvido em matéria criminal ambiental na IGAMAOT tem exigido elevada especialização e capacitação técnica, enquanto OPC de competência específica, em linha com a Diretiva 1/2023 da Procuradoria-Geral da República (PGR), de 2 de novembro, referente à Lei da Política Criminal, que reconhece que face à especificidade dos ilícitos ambientais, a delegação da competência para a investigação, deverá ter em atenção que a IGAMAOT exerce funções próprias de órgão de polícia criminal relativamente aos crimes que se relacionem com o cumprimento da sua missão em matérias de incidência ambiental. O Departamento Central de Contencioso do Estado e Interesses Coletivos e Difusos (DCCEICD) da PGR, veio reforçar a colaboração em sede de investigação criminal.

Em matéria de cooperação internacional na área criminal, destaca-se a participação da IGAMAOT no projeto que teve início em 2025 na área do crime ambiental da Rede EMPACT (European Multidisciplinary Platform Against Criminal Threats), cuja coordenação nacional é assegurada pelo Sistema de Segurança Interna (SSI). Releva ainda a articulação, sempre que necessário, com os Gabinetes Nacionais da Interpol e da Europol, também coordenados pelo SSI.

A IGAMAOT é membro desde a sua criação, da IMPEL em 2022-2023, colaborando com a ENPE – European Network of Prosecutors for the Environment (Rede de Procuradores para o Ambiente), EnviCrimeNet – European Network for Environmental Crime (Rede de Autoridades Policiais para o Ambiente) e EUFJE – EU Forum of Judges for the Environment (Rede de Juízes para o Ambiente).

Em junho de 2024, a EnviCrimeNet passou a ser uma organização constituída legalmente, tendo a IGAMAOT aderido formalmente a essa rede.