A IGAMAOT encontra‑se subordinada a um modelo de organização interna do tipo matricial, sendo a respetiva atividade desenvolvida por projetos e ações, levadas a cabo por equipas multidisciplinares (EM) cuja constituição é fixada numa base de mobilidade funcional.

Na sequência da publicação do Decreto-Lei n.º 153/2015, de 7 de agosto, que procede à primeira alteração ao Decreto-Lei n.º 23/2012, de 1 de fevereiro, no âmbito da orgânica da IGAMAOT é estabelecido um modelo de prestação centralizada de serviços de apoio administrativo e logístico, a prestar pela SGAmbiente à IGAMAOT. O Decreto-Lei n.º 108/2018, de 3 de dezembro, veio produzir uma nova alteração, face às novas competências em matéria de proteção radiológica e, posteriormente, o Decreto-Lei n.º 87/2020, de 15 de outubro, relativo à monitorização, comunicação e verificação das emissões de CO2 provenientes do transporte marítimo atribuindo-lhe competências para proceder a ações de inspeção em matérias relacionadas com navios e embarcações.

O mapa de pessoal aprovado para 2025 apresenta um total de 185 postos de trabalho: 4 de direção superior, 19 chefes de equipa multidisciplinar, 124 da carreira especial de inspeção, 22 da carreira de técnico superior, 2 da carreira de informática e 14 de pessoal assistente.